En 2022 des délégués régionaux et suppléants ont été élus dans 16 comités régionaux dans l’hexagone, en Corse, Guadeloupe, Martinique et Réunion).

Les comités régionaux sont partie intégrante du Fonjep. Leur action est précisée dans une feuille de route cadre et dans l’instruction interministérielle du 19 décembre 2017. Véritables échelons locaux du principe de cogestion, ces comités réunissent à la fois les représentants des services de l’État, des collectivités territoriales et des associations adhérentes bénéficiaires d’une aide du Fonjep. Les comités sont représentés au conseil d’administration du Fonjep et sont animés par des délé­gués régionaux élus.

Les comités régionaux n'ont pas de personnalité juridique propre, et sont partie intégrante du Fonjep. Leur composition est le reflet régional du Conseil d'administration national du Fonjep : un comité regroupe au niveau régional des représentants des services de l’État et des collectivités territoriales, et des représentants de toute association bénéficiaire d’une aide du Fonjep. Les comités sont les lieux privilégiés de la mise en œuvre de la charte d'engagements réciproques renouvelée en 2014 par l'État, le Mouvement associatif et les collectivités territoriales et de la charte de cogestion du Fonjep qui en découle. En leur sein, l'État et les associations s'engagent à « créer des conditions favorables pour une dynamique de travail collaboratif, à contribuer à la constitution de connaissances et au partage d'analyses sur leurs champs d'intervention, et à être force de proposition de projets et expérimentations à coconstruire entre l'État, les collectivités territoriales et les associations ».